Berawal dari meleburnya Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan menjadi satu fakultas di Universitas Sebelas Maret (UNS) dengan nama Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) yang ditandai dengan terbitnya SK Presiden No. 55 Tahun 1982 dan menjadi mulai menerima mahasiswa sejak tahun 1976. Kemudian lahirlah Jurusan Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (PMIPA) setelah terbitnya SK Mendikbud RI No. 0555/O/1983 tanggal 8 Desember tahun 1983 yang salah satunya membawahi Jurusan Fisika. Setelah itu Jurusan Fisika mengalami perubahan status dan nama menjadi Program Studi S1 Pendidikan Fisika di lingkungan Jurusan PMIPA berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 39/DIKTI/Kep/1984 tanggal 28 Desember tahun 1984 yang dikuatkan dengan SK Dirjen Dikti Nomor 222/Dikti/Kep/1996 tanggal 11 Juli tahun 1966 mengenai Penetapan 16 Program Studi yang ada di lingkungan FKIP UNS.
Kemudian terjadi perubahan Organisasi dan Tata Kerja (OTK) UNS berdasarkan Peraturan Mendikbud Nomor 84 Tahun 2014 yang meniadakan jurusan sehingga program studi (termasuk Prodi Pendidikan Fisika) tidak lagi menjadi bagian dari Jurusan PMIPA melainkan bertanggung jawab langsung terhadap pengelolaan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UNS hingga sekarang. Program Studi Pendidikan Fisika FKIP UNS memperoleh akreditasi A berdasarkan Keputusan BAN-PT Nomor 4048/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2019 yang berlaku mulai 30 Oktober 2019 sampai 30 Oktober 2024. Saat ini pengelolaan prodi Pendidikan Fisika berdasarkan SK Rektor Nomor 524/UN27/KP/2019 dan Surat Tugas Dekan FKIP Nomor 931/UN27.02/ST/2019 di pimpin oleh Dr. Sri Budiawanti, S.Si, M.Si.